เครื่องหมายของสมาคมมีลักษณะเป็นรูป Bucky ball ที่ถูกโอบล้อมด้วยธงชาติไทย โดยมีอักษรภาษาไทยและภาษาอังกฤษข้อความว่า “สมาคมนาโนเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย Nanotechnology Association of Thailand” อยู่ด้านล่าง โดยรูปสัญลักษณ์ต่าง ๆ มีความหมายดังนี้
“ Bucky ball ” หมายถึง สัญลักษณ์ของนาโนเทคโนโลยี เทคโนโลยีที่กำลังก้าวเข้ามามีบทบาทในชีวิตประจำวัน ของเรามากขึ้น และเป็นที่มาของการจัดตั้งสมาคมนาโนเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย |
“ สีแดง สีน้ำเงิน ” หมายถึง ความเจริญรุ่งเรือง ความอุดมสมบูรณ์ อันจะสื่อให้เห็นถึง ความมุ่งมั่นที่จะมีส่วนในการช่วยผลักดันนาโนเทคโนโลยีในประเทศไทย ให้มีความเจริญก้าวหน้า ทัดเทียมนานาชาติ เพื่อเป็นส่วนหนึ่งในการพัฒนาและขับเคลื่อนเศรษฐกิจของประเทศไทย ให้สามารถแข่งขันในเวทีโลกได้อย่างเต็มภาคภูมิ อันจะนำมาซึ่งความมั่นคงและมั่งคั่ง ความอุดมสมบูรณ์ และการกินดีอยู่ดี ของประชาชนชาวไทย